O povoado de Mirassol D’Oeste foi fundado em 28 de outubro de 1964. O nome foi dado em homenagem à cidade paulista homônima onde residia as famílias dos idealizadores da cidade de Mirassol D’Oeste, o Sr. Antonio Lopes Molon e Benedito Cesário da Cruz, que vieram para a região por volta de 1958, adquirindo algumas terras devolutas, onde hoje está o município.
No passado a área era ocupada por índios Bororós, também chamados pelos desbravadores paulistas de índios Cabaçais. Hoje os poucos descendentes dessa gente estão em reservas indígenas no município de Barra do Bugres.
A arrancada do povoamento da região de Mirassol d’Oeste começou realmente com a construção da Ponte sobre o rio Paraguai, no município de Cáceres, no ano de 1960, no governo estadual de João Ponce de Arruda. A colonização dessa área foi grandemente impulsionada pelos projetos do Governo Federal e Estadual que, entre outras vantagens, concediam incentivos fiscais à colonização do centro-oeste, como uma forma de incentivo para a ocupação da Amazônia, que era realmente o foco do Governo nessa época.
Com isso muitos paulistas das cidades de Fernandópolis, Jales, Mirassol, Santa Fé do Sul, São José do Rio Preto, Votuporanga, vieram para cá, trazendo consigo muitos sonhos a serem realizados na região.
Até dezembro de 1976 Mirassol D’Oeste ficou sob a jurisdição do município de Cáceres, acontecendo a instalação oficial do município em 1.º de fevereiro de 1977, com sessão na Câmara Municipal, sendo nomeado interinamente na direção do município de Mirassol D’Oeste o Sr. Ataíde Pereira Leite, com apenas 25 anos de idade, sendo substituído pelo Sr. Samuel Greve, nomeado pelo Governador de Mato Grosso Frederico Campos.
A primeira vez que um trabalho científico realizado no país confirmou solidamente a ocorrência de uma glaciação global na América do Sul, foi feito no município de Mirassol d’Oeste, em 2001. A pesquisa que faz parte da tese de doutorado pela USP, de Afonso César Rodrigues Nogueira, da Ufam, revelou que no período Neoproteozóico, compreendido entre 600 e 570 milhões de anos atrás, a região foi submetida a uma tempearatura de 50°C negativos, aniquilando quase totalmente a vegetação, sobrevivendo apenas poucos organismos, como as cianobactérias, que resistiam à água gelada. No final desse período, a região foi submetida à temperatura de 50°C positivos. Foi justamente essa mudança brusca que deixou marcas no relevo de Mirassol d’Oeste. O estudo, realizado pela USP, em colaboração com a UFPE e as Universidades Federais do Amazonas (Ufam) e do Pará (UFPA), se baseou na análise de amostras de rochas coletadas.
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